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真核有参转录组测序分析

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技术:使用已知参考基因组进行转录本比对。

目的:准确量化基因表达水平,识别差异表达基因。

流程:

RNA提取和文库构建:从样本中提取RNA并构建测序文库。

深度测序:使用Illumina等平台进行测序。

比对到参考基因组:使用STAR、Hisat2等软件。

表达量化:使用HTSeq、FeatureCounts等工具。

差异表达分析:使用DESeq2、edgeR等工具。

应用:

差异表达分析:比较不同条件下的基因表达模式。

生物过程研究:探索参与特定生理或病理过程的基因。

信号通路分析:研究信号传导通路的活性变化。