技术:使用已知参考基因组进行转录本比对。
目的:准确量化基因表达水平,识别差异表达基因。
流程:
• RNA提取和文库构建:从样本中提取RNA并构建测序文库。
• 深度测序:使用Illumina等平台进行测序。
• 比对到参考基因组:使用STAR、Hisat2等软件。
• 表达量化:使用HTSeq、FeatureCounts等工具。
• 差异表达分析:使用DESeq2、edgeR等工具。
应用:
• 差异表达分析:比较不同条件下的基因表达模式。
• 生物过程研究:探索参与特定生理或病理过程的基因。
• 信号通路分析:研究信号传导通路的活性变化。