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真核无参转录组测序分析

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技术:无需参考基因组,直接从头组装转录本序列。

目的:发现新基因、新转录本和可变剪接事件。

流程:

RNA提取和文库构建:同有参转录组。

深度测序:同有参转录组。

从头组装:使用Trinity、Transcriptome Shotgun Assembly (TSA) 等工具。

转录本注释:使用BLAST、InterProScan等工具进行注释。

差异表达分析:使用DESeq2、edgeR等工具。

应用:

新基因发现:在未充分注释的物种中发现新基因。

可变剪接研究:识别不同的剪接形式。

非编码RNA研究:探索miRNAs、lncRNAs等功能。