技术:无需参考基因组,直接从头组装转录本序列。
目的:发现新基因、新转录本和可变剪接事件。
流程:
• RNA提取和文库构建:同有参转录组。
• 深度测序:同有参转录组。
• 从头组装:使用Trinity、Transcriptome Shotgun Assembly (TSA) 等工具。
• 转录本注释:使用BLAST、InterProScan等工具进行注释。
• 差异表达分析:使用DESeq2、edgeR等工具。
应用:
• 新基因发现:在未充分注释的物种中发现新基因。
• 可变剪接研究:识别不同的剪接形式。
非编码RNA研究:探索miRNAs、lncRNAs等功能。